Meclis tarihi önemde bir karar alarak, tartışmaları sonlandırdı. Bundan böyle TCK kapsamındaki her türlü suç ayrımsız olarak adli (sivil) yargının yetkisinde. Bu değişiklik, muvazzaf subayların askeri mahalde dahi işlenmiş olsa, disiplin suçları hariç tüm iddialarda adli yargı tarafından yargılanacakları anlamına geliyor. Kararın Ergenekon soruşturması açısından da büyük önemi var. Soruşturma kapsamında gözaltına alınan muvazzaf subaylar, bu kararla Ergenekon savcıları tarafından sorgulanacak.
Meclis önceki gece çıkardığı yasayla askerlerin sivil mahkemelerde yargılanmasının önünü açtı. Yasaya göre askerlerin işlediği “Anayasal düzene karşı suçlar” ile “terör” ve “çete” suçları doğrudan özel yetkili sivil savcılıklar tarafından soruşturulacak.
TBMM’de kabul edilen “Türk Ceza Kanunu’nda ve Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına İlişkin Kanun” la askeri yargının yetkilerine önemli kısıtlamalar getirildi. Değişiklikle askerlerin kendi içinde darbe girişimi, cunta veya hükümete karşı eylem planları yapmaları gibi suçlarda yetki sivil yargıya verildi. Sivil yargıya verilen yetki, devam eden soruşturma ve davaları da kapsayacak. Değişiklikle ayrıca sivillerin bazı suçlarda askeri mahkemelerde yargılanmalarına da tamamen son verildi.